В России институт прописки был в 1993 году законодательно заменён на регистрацию по месту жительства; одновременно было введено понятие регистрации по месту пребывания. По мнению некоторых наблюдателей, это произошло, в значительной мере, под давлением международных организаций, требовавших соблюдения права граждан на свободу передвижения и выбор места жительства.

В настоящее время порядок регистрации по месту жительства и пребывания определяется законом 1993 года «О праве граждан Российской Федерации на свободу передвижения, выбор места пребывания и жительства в пределах Российской Федерации» и «Правилами регистрации и снятия граждан Российской Федерации с регистрационного учёта по месту пребывания и по месту жительства в пределах Российской Федерации» от 17 июля 1995 года, однако основным документом, которым органы внутренних дел (милиция), определённые как органы регистрационного учёта, руководствуются в своей работе, является ведомственная инструкция МВД, изданная в том же году формально на основании правительственных «Правил», однако по существу воспроизводящая процедуру прописки в том виде, как она понималась Положением о паспортной системе 1974 года. Почти всегда нарушается закон, который требует регистрироваться при предполагаемом пребывании более 10 суток, разрешая тем самым проживать 10 дней без регистрации. Это обосновывается тем, что при пребывании более 10 суток необходимо регистрироваться в течение 3 дней. Соответственно, милиция штрафует всех, кто не может доказать, что он пробыл на этой территории менее трёх суток.

Важным отличием вновь введённой системы является привязка регистрации именно к месту жительства, а не местности, как это было с пропиской в Положении 1974 года. Тем не менее, в правоприменении это различие, как правило, игнорируется, и граждане подвергаются штрафам, просто находясь на территории населённого пункта, в котором они не зарегистрированы. Не известно ни одного факта привлечения к ответственности гражданина, сменившего место жительства или пребывания в пределах одного населённого пункта, но не зарегистрировавшегося по новому адресу.

Несмотря на ряд постановлений Конституционного Суда РФ, отменивших самые вопиющие несоответствия порядка регистрации по месту жительства и пребывания конституционному праву на свободу передвижения, указанные документы содержат большое количество более или менее очевидных внутренних противоречий.

Кроме того, некоторые субъекты России, включая Москву, приняли собственные правила регистрации по месту жительства и пребывания, также неоднократно оспоренные в судах, очевидной целью которых было применение регистрации как инструмента административного регулирования миграции населения в «советском» смысле. Новацией по отношению к советскому периоду является использование вновь введённого института регистрации по месту пребывания как своего рода разрешения на пребывание на территории соответствующего субъекта Федерации. Несмотря на то, что эта трактовка не основана на законе, именно такое понимание неоднократно демонстрировали должностные лица государства; преобладает оно и среди населения.

В субъектах РФ, где местная власть обращает особое внимание на соблюдение режима прописки, получила широкое распространение произвольная проверка документов милиционерами у граждан, в том числе, на улицах, главной целью которой является выявление лиц, не имеющих регистрации в соответствующем населённом пункте. Такие граждане штрафуются или, как подтверждено множеством свидетельств, подвергаются вымогательству взяток. Борьба властей с этим явлением ограничивается, в основном, декларациями. Однако, с декабря 2003 поправками в Кодекс законов об административных правонарушениях отменена ответственность за пребывание на территории России без регистрации, оставлена ответственность лишь за проживание (бремя доказательства которого, по закону, ложится на самих сотрудников милиции), что положило формальный конец проверкам граждан на улицах. Лишь незнание гражданами законов позволяет милиции продолжать творить произвол.

Серьезная либерализация режима регистрации для граждан России была сделана Постановлением Правительства РФ от 22 декабря 2004 года, сменившего срок, по истечении которого требуется регистрация с 3 дней на 90. Таким образом, российские граждане получили возможность жить в любом населенном пункте без регистрации, если раз в квартал выезжать хотя бы на час в другой населенный пункт и сохранить билет в качестве подверждения такой поездки.

Следует заметить, что проблемы переселенца не ограничиваются контактами с представителями милиции как на улице, так и при переоформлении документов - внутреннего и загранпаспорта, водительских прав и т. д. Без регистрации на практике не удается получить полис ОМС по месту работы (обязательное медицинское страхование), гораздо труднее взять в аренду автомобиль и получить доступ к более привлекательным программам банковского кредитования.

Очевидно следует признать, что реформирование дорыночной советской системы распределения людских ресурсов требует еще немалых усилий со стороны власти и жесткого контроля со стороны гражданского общества.

Положение иностранных граждан в России было резко облегчено 15 января 2007 года с вступление в силу нового Федерального закона от 18 июля 2006 г. № 109-ФЗ "O миграционном учете иностранных граждан и лиц без гражданства в российской федерации", который позволил регистрироваться иностранному гражданину по почте, а подтверждением факта регистрации теперь является наличие отрывного талона со штампом почтового отделения.